Худайнатов был первым вице-президентом «Роснефти», некоторое время после ухода Олега Богданчикова даже возглавлял компанию. В «Роснефть» пришел из структуры «Газпрома», до того трудился на госслужбе — заместителем мэра Нефтеюганска. В 2000 году он возглавлял предвыборный штаб Владимира Путина, а в 2007 был одним из ключевых свидетелей обвинения по делу ЮКОСа. «Коммерсантъ» называл Худайнатова «одним из наиболее приближенных к Сечину людей». В 2013 году Худайнатов покинул «Роснефть», чтобы заняться собственным бизнесом. Но его «Независимая нефтегазовая компания» и сейчас считается близкой к госкомпании. Так, в 2017 году ННК продала «Роснефти» свой актив в десять раз дороже, чем купила его: ННК купила 100% «Конданефти» примерно за 4 млрд руб., а продала — уже за 40 млрд рублей. Также Худайнатов владеет бизнесом вместе с петербургским авторитетом Ильей Трабером, известным под кличкой «Антиквар».