В армии Кочетов командовал войсками Южной группы войск в Венгрии, потом войсками Закавказского и Московского военных округов. В 1989 году был назначен замминистра обороны СССР. Кочетов принимал участие в решении о силовом разгоне митинга сторонников независимости Грузии в Тбилиси 9 апреля 1989 года, в результате которого погибли 19 человек; эти события потом получили название «ночи саперных лопаток».