Маганов работает в структурах «Лукойла» с конца 80-х, с 1993 года — в должности вице-президента, с того же года непрерывно заседает в совете директоров. Писали, что именно Маганов придумал концерну «Лукойл» название: по первым буквам названий городов Лангепас, Урай и Когалым, за что получил от Вагита Алекперова премию в 300 рублей. Брат Наиль Маганов — глава «Татнефти». У Маганова — 0,436% акций «Лукойла», его долю, исходя из рыночной капитализации «Лукойла», можно оценить примерно в $260 млн.