В 90-е Шилов основал компанию-производителя соков «Нидан», а в 2000-е решил вложиться в элитную медицину. Развитие его медицинских центрв ЕМЦ связывают с покровительством Леонида Печатникова, бывшего акционера ЕМЦ, возглавившего Департамент здравоохранения Москвы. Не без участия Печатникова Шилов и связанные с акционерами ЕМЦ компании стали подрядчиками на поставку томографов в столичные больницы и получали до трети госзаказов в сфере здравоохранения.