Карьера Шубина началась в 1972 году с должности помощнка лесничего. В начале 80-х он возглавил челябинское управление лесного хозяйства, а в 1990 стал министром всего лесного хозяйства РСФСР, с 1992 по 2000 год возглавлял Федеральную службу лесного хозяйства. С 2002 по 2010 год руководил челябинским постпредством при правительстве РФ.